لایحه مجازات اسلامی که با یک بدعت آشکار در نظام قانونی جمهوری اسلامی و بر خلاف اصول و موازین حقوقی و قانونی، بعد از تأیید شورای نگهبان (طی نامه شماره ۴۵۳۲۵/۳۰/۹۰ مورخ ۲۸/۱۰/۱۳۹۰) و ارسال متن قانون به ریاست جمهوری توسط رئیس مجلس جهت ابلاغ (طی نامه شماره ۱۴۳۲/۱۲۷ مورخ ۲۱/۱/۱۳۹۱)، مجددا توسط شورای نگهبان باز پس گرفته شد تا اشکالاتی را که اعضای این شورا علی رغم ۵ بار ارسال اصلاحیه به مجلس (در تاریخ‌های ۱۹/۱۰/۱۳۸۸، ۲۹/۱۰/۱۳۸۸، ۱/۹/۱۳۸۹، ۲۸/۱۲/۱۳۸۹، ۲۶/۸/۱۳۹۰) از قلم انداخته بودند، دوباره بررسی و اعلام نمایند، بنا به اظهارنظر رئیس کمسیون قضایی مجلس، هم اکنون پس از انجام ۵۲ اصلاحیه و ۲۲ تذکر جدید مدنظر شورای نگهبان، به این شورا فرستاده شده تا در صورت تأیید، نهایتا این لایحه به جمع مابقی قوانین آزمایشی مصوب پس از انقلاب اسلامی در حیطه جرم و مجازات بپیوندد، امری که بنا به گفته اللهیار ملک شاهی، به زودی به وقوع خواهد پیوست.

به گزارش هرانا، لایحه قانون مجازات اسلامی از نظر تدوین کنندگان و تصویب کنندگان آن، واجد نوآوری‌های گوناگونی است که از‌‌‌‌ همان زمان طرح مسأله تدوین قانونی جدید در زمینه جزایی در رسانه‌ها، توسط آنان به کرات مورد اشاره واقع شد که البته از جمله بیشترین تأکید‌ها بر روی حذف مجازات سنگسار در این لایحه بود که این مسأله طبیعتا بازتاب گسترده‌ای در رسانه‌ها و در میان علاقه مندان و پیگیران مباحث مرتبط با حقوق بشر در ایران داشت، به گونه‌ای که اگر هم اکنون هرکسی یک جستجوی ساده در میان اخبار کشور با کلیدواژه‌هایی هم چون «لایحه مجازات اسلامی» و «سنگسار» انجام دهد، خواهد دید که غالب نتایج نمایش داده شده در این خصوص است.

شورای نگهبان اما، در اصلاحیه‌ای که به ادعای بسیاری از حقوقدانان کشور، به دلیل تأیید سابق شورای نگهبان، هیچ محل قانونی نداشته و بدعتی خطرناک در روند قانون گزاری کشور به حساب می‌آید، مجلس را ملزم به افزدون مجازات «رجم» یا سنگسار به لایحه کرده است. این شورا در نامه حاوی اصلاحات مدنظر خود در دو بند، تصریح نموده که اولا «در ماده ۲۲۵ لازم است حکم زنای محصنه که مجازات آن با جمع شرایط رجم است، آورده شود.» و ثانیا تأکید کرده که «مقرر گردید در همه مواردی که عبارت «سلب حیات» جایگزین کلمه «رجم» شده است، اصلاح گردد.»

به نظر می‌رسد مجلس شورای اسلامی با حذف مجازات سنگسار از لایحه و سخن به میان نیاوردن از مجازات رجم برای جرم زنای محصنه در ماده ۲۲۵ و مسکوت گذاشتن موضوع و در نظر گرفتن دو ماده ۲۲۰ و ۲۲۱ و هم چنین به کارگیری عبارت سلب حیات به جای واژه رجم، می‌خواست عملا با ارجاع امر به استفتاء رهبری در این خصوص، حکم رجم را با مجازات سالب حیات دیگری مانند اعدام جایگزین نماید، اما الزام شورای نگهبان به اینکه مجازات سنگسار می‌بایست مجددا به لایحه بازگردانده شود تا لایحه مجازات به تأیید این شورا برسد، راه را بر مجلس شورای اسلامی بست.

گفتنی است قانون مجازات اسلامی که از تاریخ اتمام مهلت اجرای آزمایشی آن (یعنی پایان سال ۹۰)، حدود ده ماه می‌گذرد، هم اکنون بنا به گفته رئیس قوه قضاییه «با کسب اجازه از رهبری تا زمان تصویب قانون جدید قابلیت اجرایی دارد»، چرا که بنا بود لایحه مجازات اسلامی تا پایان سال ۹۰ تصویب و لازم الاجرا گردد. لازم به ذکر است که لایحه مجازات اسلامی نیز به مانند قانون کنونی، یک قانون آزمایشی بوده و مطابق ماده ۷۳۷ آن، مدت اجرای آزمایشی آن ۵ سال پس از تاریخ لازم الاجرا شدنش می‌باشد.