فاطمه هاشمی گفته اکبر هاشمی رفسنجانی «مطالب مهمی را در گاوصندوق و چند کشو نگهداری می‌کرده» و افزوده بعد از مرگ او: «وقتی به آنجا رفتم تا وسایل پدرم را به خانه بیاورم، با کشوهای خالی مواجه شدم و هیچ چیزی وجود نداشت.»
بعد از درگذشت هاشمی رفسنجانی، غلامعلی رجایی - مشاور آقای رفسنجانی در مجمع تشخیص مصلحت نظام- از وی نقل کرد: «اینها [جناح مقابل] از این می‌ترسند که من مطالبی را که دارم، بیان کنم ولی روزی بیان خواهم کرد... مطالبی دارم که اگر یک ورق از آنها منتشر شود پدر همه اینها درخواهد آمد.»
آقای رجایی همچنین، با اشاره به دست‌نوشته‌های آقای رفسنجانی گفت: «اخبار و مسایل محرمانه و سری را جدا می‌نوشتند، چون می‌دانستند که به دلیل مصلحت بعضی از اشخاص یا مصلحت عمومی یا امنیت عمومی کشور بعضی از مطالب را الان نمی‌توان گفت ولی سه، چهار دهه دیگر که بعضی از اشخاص از دنیا رفتند، بیان آنها مانعی ندارد.»
اشارات مشاور اکبر هاشمی رفسنجانی، در حالی صورت گرفت که خود آقای رفسنجانی هم، حداقل در یک مصاحبه به خاطرات «کاملا سری» خود اشاراتی داشت. او در اردیبهشت۱۳۹۰، در مصاحبه‌ای با سایت آینده در مورد دست‌نوشته‌های خود گفت: «بعضی از مطالب کاملاً سرّی بود. آنها را در دفتر جداگانه می‌نوشتم.» رئیس سابق مجمع تشخیص در ادامه تاکید کرد که تفکیک خاطرات سری و غیرسری را کماکان رعایت می‌کند: «الان دو دفتر مکرر دارم. دفتر به کلی سرّی خیلی کوچک است. یک تقویم بغلی است که مطالب مهم را در آن یادداشت می‌کردم. بقیه سال‌ها در اوراق جداگانه بود.»
اکبر هاشمی رفسنجانی از سال ۱۳۶۰ نوشتن خاطرات روزانه را شروع کرد و تا پیش از مرگ، خاطرات سال های ۱۳۶۰ تا ۱۳۷۲ در قالب ۱۳ کتاب جداگانه منتشر شد (خاطرات سال های ۱۳۵۷ تا ۱۳۵۹ او نیز، بعدا زیرنظر خودش جمع آوری و منتشر شده اما بر مبنای دستنویس های روزانه نبوده است).
غلامعلی رجایی در مصاحبه‌ای که بهمن ماه گذشته در سایت جماران منتشر شده، در مورد خاطرات باقی مانده گفت: «۲۳ جلد کتاب دیدارها و خاطرات و روزنوشته‌هایشان باقی است و مهم‌تر از آنها اخبار و موضوعات محرمانه و سریِ نزد ایشان است که انتشار آنها قطعاً در شفاف‌سازی تحولات و جریانات سیاسی و شناخت ماهیت جریان‌ها و اشخاص نقش خاصی ایفا خواهد کرد.»
از صحبت‌های آقای رجایی، نکته مشخصی در مورد سرانجام خاطرات سرّی اکبر هاشمی رفسنجانی قابل استنباط نیست. اما این اظهارات ظاهرا حکایت داشت که رئیس مجمع تشخیص، خاطرات خود را تا آخرین سال زندگیش ثبت و آماده انتشار کرده است. اظهاراتی که با تاکیدهای قبلی هاشمی رفسنجانی -در اردیبهشت۱۳۹۰- در مورد اینکه خاطرات را حداکثر با دو روز تاخیر ثبت و ضبط می کرده همخوانی داشت.
محسن هاشمی، پسر اکبر هاشمی رفسنجانی، که مسئولیت «نشر معارف انقلاب» ناشر کتاب های خاطرات او را به عهده دارد، در اردیبهشت ۱۳۹۲ در مصاحبه‌ای با سایت خبرآنلاین گفت که خاطرات دستنویس پدرش، قبل از انتشار از سوی او بازبینی و بخش‌های محدودی از آنها حذف می‌شده است.
او در آن مصاحبه، در توضیحی در باره کتابی که به تازگی منتشر کرده بود (خاطرات سال ۱۳۶۹) می گوید: «کتاب در اختیار ایشان قرار گرفت و مواردی که به اعتقاد وی خط قرمز است از کتاب حذف شد. این موارد نزدیک به ۵ درصد است. با اینکه کتاب با ۲۲ سال تاخیر چاپ می‌شود، ولی هنوز هم خط قرمز‌هایی وجود دارد و شاید در بیست سال آینده بتوان در تجدید چاپ کتاب‌ها آن موارد حذف شده را اضافه کرد.»
خود هاشمی رفسنجانی هم در مقدمه کتاب خاطرات ۱۳۷۱ توضیح می دهد که در هنگام انتشار کتاب های جدید، «در موارد بسیار نادری، اگر چیزی هنوز از اسرار نظام باشد چاپ نمی‌شود».
از مجموعه این اظهارات می توان فهمید که حتی بخش هایی خاص از خاطرات غیرسرّی اکبر هاشمی رفسنجانی نیز، یا به خاطر آنکه کماکان جزو “اسرار نظام” به حساب می آمده و یا به خاطر تداخل با “خط قرمزها”، قبل از انتشار حذف می شده است.
اما در نهایت، آنچه بعد از این حذفیات باقی می مانده نیز، لزوما به تمامی منتشر نمی‌شده؛ چون قبل از چاپ، کل متن ها به رویت آیت الله خامنه‌ای هم می‌رسیده است.
اکبر هاشمی رفسنجانی، در این زمینه در مناسبت های گوناگون توضیح داده است. یکی از این توضیحات، در مقدمه کتاب خاطرات سال ۱۳۷۱ هاشمی رفسنجانی آمده که تصریح دارد قبل از چاپ کتاب‌های خاطرات، نسخه‌ای به آیت الله خامنه‌ای ارسال شود تا نظر بدهد. البته او می افزاید: «ایشان در موارد کمی اظهارنظر می‌کنند.»