عبارت «دولت پنهان» را تا کنون بیشتر فعالان اصلاح‌طلب برای تفسیر خود از شرایط سیاسی ایران به کار م بردند، این اصطلاح اما ظاهراً در حال گسترش است و به ادبیات علی مطهری نمایندۀ مجلس هم راه یافته است.
کاربرد این عبارت از طرف مطهری که خاستگاهی «اصولگرایانه» دارد، به برخی محافل آن جناح، گران آمده است به طوری که او را تحت فشار گذاشته‌اند تا به روشنی و صراحت منظور خود را از «دولت پنهان» روشن کند.
استفاده از اصطلاح دولت پنهان بخصوص در ایران به واقع نوعی مدد گرفتن از استعاره برای اشاره به نهادهای علی‌الخصوص نظامی است که قرار نیست از آنها نامی برده شود. به همین دلیل است که اغلب استفاده کنندگان از این عبارت، برای تعیین مصداق آن، احساس محدودیت و از اشاره صریح به آن پرهیز می‌کنند. همین محدودیت هم دستاویزی برای منتقدان فراهم می‌آورد تا آنها را برای افشای نیات درونی خود تحت فشار بگذارند.
آنچه اما در ایران به عنوان «دولت پنهان» شهرت یافته است، در حقیقت چندان هم پنهان نیست و بخشی از ساختار علنی و حقوقی نظام سیاسی است. در قانون اساسی جمهوری اسلامی قدرت به نحوی تقسیم شده است که قوۀ مجریه اختیارات محدود و مشخصی دارد و به همین دلیل هرگاه رؤسای قوای مجریه این نوع محدودیت‌ها را در عمل تجربه می‌کنند، حامیان آنها پای «دولت پنهان» را وسط می‌کشند.
به نظر من برای توضیح مشکلات اجرایی و سیاسی ایران، تأکید بر «دولت پنهان» از لحاظ حقوقی کاربردی ندارد. مشکل بیشتر به تداخل حوزه‌های مسئولیت و وظایف نهادهای مختلف مربوط می‌شود و نوع تفسیر قانون اساسی زمینه‌ساز آن است. با این حساب، برای حل این مشکل خاص، یا باید قانون اساسی به گونه‌ای متفاوت مورد تفسیر قرار گیرد و یا اینکه در بخش مربوط به وظایف و اختیارات نهادها اصلاح شود.