مصطفی پورمحمدی در مصاحبه‌ای درباره نامزدی‌اش در چهاردهمین انتخابات ریاست جمهوری ایران به کارنامه امنیتی خود و نقشش در اعدام‌های سال ۱۳۶۷ پرداخت و آن را «پروژه جمهوری اسلامی» خواند.
مصطفی پورمحمدی که در برنامه اینترنتی جیوه شرکت کرده بود، گفت اعدام زندانیان سیاسی تابستان در سال ۱۳۶۷ «پروژه جمهوری اسلامی است. پروژه لحظه‌های سخت نظام است. درگیری بزرگ است. ما باید یک تشخیص می‌دادیم. عجیب اینکه مخاطب ما هیجانی بود و خون جلوی چشمانش را گرفته بود. دو سه بار می گفتیم آقا، خانم، این حرفی که داری می‌زنی حکم قبلی‌ات باید اجرا شود. خواهش می‌کردیم.»
به گفته آقای پورمحمدی که یکی از اعضای هیئت متصدی اعدام‌های تابستان سال ۱۳۶۷ شناخته می‌شود، تنها کسانی حکم اعدام گرفتند که همراه سازمان مجاهدین خلق «با مردم می‌جنگیدند.»
در اعدام هزاران زندانی سیاسی در تابستان سال ۱۳۶۷ علاوه بر اعضای سازمان مجاهدین، بسیاری از زندانیان سیاسی چپ نیز اعدام شدند که مشی مسلحانه هم نداشتند.
نهادهای ناظر بر وضعیت حقوق بشر ایران و همچنین آیت‌الله منتظری تاکید کرده‌اند که بسیاری از زندانیانی که اعدام شدند در حال گذراندن احکام حبسشان بودند و محاکمه دوباره‌شان نقض آشکار موازین اولیه دادرسی عادلانه است.
با این حال، مصطفی پورمحمدی در پاسخ به اینکه «در فضای مجازی نام او با اعدام گره خورده است» گفت: «من چکار کنم، من قاضی بودم یک مقطعی. یا باید محاکمه می‌کردم یا باید کیفرخواست می‌نوشتم. یک عده جریمه می‌شدند. یک عده زندان می‌گرفتند. یک عده اعدام می‌گرفتند. مثل پزشک که نامش با جراحی گره می‌خورد.»
به شهادت جان‌بدربردگان، مصطفی پورمحمدی در تابستان سال ۱۳۶۷، به عنوان نماینده وزارت اطلاعات در هیئت محاکمه زندانیان در زندان اوین و گوهردشت حاضر بود. این هیئت که با حکم آیت‌الله خمینی تشکیل شده بود در جلساتی چند دقیقه‌ای مخالفان سیاسی را به اعدام محکوم کرد.
مصطفی پورمحمدی درباره رابطه‌اش با آیت‌الله منتظری گفت: «زمانی که با همین هیئت قرار شد برویم پیش آقای منتظری، رو کرد به یکی از این جماعت ما و گفت اگر این را آدم متدینی نمی‌دانستم و پورمحمدی را بچه خوبی نمی‌دانستم اصلا راهتان نمی‌دادم اینجا.»
مصطفی پورمحمدی از جمله چهار نفری بود که آیت‌الله منتظری، قائم‌مقام وقتِ رهبر جمهوری اسلامی در جلسه‌ای خطاب به آنها گفت نام شما به عنوان «جنایتکاران تاریخ» ثبت خواهند شد.
او در این مصاحبه می‌گوید افراد زیادی را عفو کرده است. جان‌به‌دربردگان اما در خاطراتشان تاکید کرده‌اند که متصدیان زندان و این هیئت در روزهای نخست این را از زندانیان مخفی نگه می‌داشتند که اجازه صدور حکم اعدام را در چند دقیقه و با چند سوال دارند.
در فرمان آیت‌الله خمینی خطاب به مجریان اعدام‌های تابستان سال ۱۳۶۷ نیز اشاره‌ای به عفو نشده بود و تنها خواستار تشخیص افراد «محارب» شده بود.
مصطفی پورمحمدی اضافه کرد: «داستان دهه شصت خیلی فرق می‌کند، مردم مدافع ما بودند، همفکر ما بودند و اتفاقا مطالبات مردم تندتر بود و تقاضای احکام شدیدتر داشتند.»
او دلیل حضور خود در آن هیئت را جلوگیری از فضای هیجانی آن دوران خواند. زندانیان آن دوره از این هیئت به عنوان «هیئت مرگ» یاد می‌کنند.
مصطفی پور محمدی همچنین گفت در جریان این اعدام‌ها بیش از ۳۰ هیئت در ایران فعال بودند.
این اظهارات در حالی بیان می‌شوند که او در سال ۱۳۹۲ که نامزد انتخابات شده بود، به کلی موضوع اعدام‌های سال ۶۷ را تکذیب کرد.
اما او در سال ۱۳۹۸ که دبیر جامعه روحانیت مبارز بود در گفت‌وگو با هفته نامه «مثلث» از نقشش در اعدام‌های سال ۱۳۶۷ دفاع کرد. او در سال ۱۳۹۶ هم اقداماتش در جریان این اعدام‌ها را باعث افتخار خوانده بود.
حسینعلی نیری (حاکم شرع وقت)، مرتضی اشراقی (دادستان وقت) دو عضو این هیئت بودند که نام‌شان در فرمان آیت‌الله خمینی آمده بود و ابراهیم رئیسی (معاون وقت دادستان) و مصطفی پورمحمدی (نماینده وقت وزارت اطلاعات در زندان اوین) از جمله افراد مهمی بودند که در هیئت متصدی اعدام‌ها و ملاقات با آیت‌الله منتظری حضور داشتند.
مصطفی پورمحمدی در این مصاحبه گفت اگر او مسئولیت داشت، کشته شدن مهسا (ژینا) امینی و پرونده قتل‌های سیاسی زنجیره‌ای نیز بهتر مدیریت می‌شدند.
بی‌بی‌سی فارسی